En 1966, l'ethnomusicologie s'est vu attribuer comme science une place à part entière au sein du musée. La nouvelle section avait pour mission d'enregistrer, de décrire, d'analyser et de présenter à un large public, par différentes publications, la musique traditionnelle, ainsi que les danses et les instruments de musique correspondants. Les archives photographiques montrent comment la section s'est acquittée de sa mission au cours de différentes expéditions scientifiques.

Grâce à la collaboration institutionnelle avec l'Institut National de Recherche Scientifique (INRS) de Butare, une étude a été menée de 1973 à 1985 sur la musique et la danse rwandaises. Cette étude est à l'origine de la vaste collection d'enregistrements de sons et d'images qui offre un aperçu de tout l'éventail des expressions musicales de cette période au Rwanda. 

Dans les années 70, un accord de coopération avec l'ancien Zaïre a conduit à la fondation de l'Institut des Musées Nationaux du Zaïre (IMNZ). Cette initiative a permis de démarrer une étude musicologique dans les provinces du Shaba (Katanga) et du Kasai. La musique luba a été étudiée en premier, avec une attention particulière pour les instruments de musique et les chansons caractérisant la vie sociale et religieuse. Ensuite et grâce au soutien de l'empereur des Lunda, le Mwaant Yaav, une étude similaire a pu être menée chez le peuple lunda et la musique accompagnant les rituels et coutumes a été enregistrée. Enfin, chez les Salampasu, la danse et les ensembles de musique dont l'existence était jusque là inconnue ont également été enregistrés. Les musiciens et les danseurs prêtaient volontiers leur collaboration et étaient ravis de l'intérêt pour leur musique. 

Les enregistrements sonores et les images correspondantes, ainsi que les archives, constituent une source inestimable d'information sur la musique traditionnelle de l'Afrique centrale. Entre-temps, la collection des enregistrements audio fut entièrement numérisée.